On paljon laitosten korkeakoulutuksen kaikkialla Kirgisiassa. Tämä sisältää noin kolmekymmentä seitsemän julkisia yliopistoja ja kahdeksantoista yksityisiä yliopistoja. Keskeiset yliopistojen Kirgisia kuuluu University Keski-Aasian ja Kirgisian kansallinen yliopisto.